Matéria do Estado de S.Paulo mostra que a passagem de José Alencar pela Vice-Presidência da República foi marcada pela lealdade a Luiz Inácio Lula da Silva, mas sem a completa submissão ao presidente. Alencar foi um dos poucos membros do governo a pedir a redução dos juros durante o primeiro mandato e a criticar a alta carga tributária. Em pouco tempo, tornou-se uma voz dissonante da política econômica do então ministro da Fazenda, Antônio Palocci. Alencar, em consonância com sua biografia de empresário, defendia uma interferência política nas decisões econômicas do governo, principalmente em relação aos até então elevados juros praticados pelo Banco Central. Mas, ao ser questionado sobre sua pregação, respondia tratar-se de uma crítica "técnica". Palocci, de seu lado, rebatia que não deveria haver critérios políticos para as decisões do Banco Central. Em 2008, Alencar disse em entrevista que as elevadas taxas de juros impediam o governo de fazer um efetivo corte de gastos públicos. Segundo ele, o governo Lula teria mais musculatura para enfrentar a turbulência global e poderia ter economizado cerca de R$ 300 bilhões se nos primeiros quatro anos não tivesse adotado uma política monetária "equivocada".